Dans le précédent article, nous en sommes restés à l'époque où la Franche-Comté est devenue autrichienne par le mariage de Marie de Bourgogne et de Maximilien d'Autriche. De leur union naissent Philippe le Beau et Marguerite d'Autriche.
Philippe n'a que 14 ans lorsqu'il reçoit en héritage la Franche-Comté, à la mort de sa mère. L'empereur Maximilien gouverne en son nom et témoigne aux Comtois une vive reconnaissance pour leur fidélité. Après avoir épousé l'infante d'Espagne, Philippe le Beau meurt prématurément en 1506. Très affectée par cette mort, elle sera surnommée Jeanne la Folle.
Leur fils, Charles Quint, hérite des possessions espagnoles et bourguignonnes. En 1516, il est roi de toutes les Espagnes et des colonies d'Amérique du Sud. En 1519, élu empereur du Saint Empire romain germanique, il est le maître de la puissante maison d'Autriche.
Marguerite d'Autriche, qui avait été fiancée au Dauphin de France, épouse en premières noces Jean, le frère de Jeanne la Folle. Devenue veuve, elle se remarie avec Philibert le Beau, duc de Savoie. En 1506, à la mort de son père, Charles Quint n'a que six ans. Son grand-père, Maximilien, confie la Comté à Marguerite, à nouveau veuve. Femme exceptionnelle, son gouvernement est très satisfaisant. Elle signe un traité de neutralité avec la Suisse et un traité de paix avec la France, ce dernier appelé "Paix des Dames". Elle réside à Gand et choisit, en 1517, Philibert de Chalon, prince d'Orange, comme gouverneur de la Comté.
Le dernier des Chalon apporte ses services à Charles Quint dont il est le chef des armées. Fait prisonnier à la bataille de Pavie, en Italie, il sera échangé contre François 1er, lui-même prisonnier. Philibert de Chalon meurt en 1530 au siège de Florence. On lui fera à Lons-le-Saunier des funérailles grandioses, son corps ayant été déposé dans l'église des Cordeliers.
Marguerite d'Autriche meurt quelques mois plus tard. C'est à elle que l'on doit la très belle église de Brou, à Bourg en Bresse, qu'elle fit construire comme sépulture de famille à la mort de son mari le duc de Savoie. Elle avait conseillé à Charles Quint de protéger la Franche Comté et de prendre des Comtois – excellents serviteurs, dit-elle - comme conseillers.
Charles Quint, ayant suivi ses conseils, règne sur un immense empire et l'on peut dire que ce n'est pas l'Espagne qui commande la Franche-Comté mais l'inverse. Nicolas Perrenot de Granvelle et Mercurin de Gattinara, très écoutés, dirigent l'Empire pendant près de soixante ans. En 1530, après la mort de Marguerite, Charles Quint remet le gouvernement de la Comté à sa sœur Marie d'Autriche. Cette princesse continue le sage gouvernement de sa tante. La Franche-Comté, à l'abri des guerres grâce aux traités de paix, connaît une ère de prospérité. C'est l'âge d'or de la province.
En 1556, Charles Quint, fatigué par la maladie et découragé par la montée du protestantisme, abdique, se retire dans un monastère, laissant l'Espagne et ses Etats de Bourgogne à son fils Philippe II et l'Autriche à son frère.
En avril de cette même année, Philippe II, roi d'Espagne, est reconnu comte de Bourgogne. Les guerres de religion viennent frapper l'Europe entière. Le Roi, fervent défenseur du catholicisme, intervient dans la succession au trône d'Angleterre mais se heurte à l'avènement d'Elisabeth, fondatrice de l'anglicanisme. Ses guerres ruinent l'Espagne et le conduisent à la cuisante défaite de la flotte, "l'invincible armada", en 1588. Se laissant accaparer par les affaires d'Espagne, il néglige la Franche-Comté. Il meurt en 1598 et lègue la Province à sa fille Isabelle, épouse de l'archiduc Albert d'Autriche. Elle gouverne avec sagesse jusqu'en 1633. A sa mort, le petit-fils de Philippe II, Philippe IV, roi d'Espagne depuis 1621, aura la lourde charge de défendre ses Etats contre Louis XIII et Richelieu.