Notre commune a une histoire très ancienne. Elle se trouve située sur l'ancienne voie romaine de Lons-le-Saunier à Tournus, à la limite de la Bourgogne et de la Franche-Comté. La proximité des sources salées de Lons et de Montmorot la fait se trouver sur le passage de la route du sel en direction de la plaine fertile de la Saône.
Au XIIIe siècle, Courlaoux était une terre dépendant des vastes domaines de la maison de Vienne. Elle était, en 1282, dans la mouvance de Jean de Chalon-Arlay Ier qui, à la suite d'un traité de famille, en fit hommage à son frère Etienne de Chalon. A cette époque, il existait une famille noble du nom de Corlavour à qui avait été inféodée la prévôté de ce lieu et qui tenait cette terre. En 1385, Isabelle de Corlavour vendit à Jean de Chalon-Arlay III, prince d'Orange, ses droits sur les terres et seigneuries de Courlaoux. Jean de Vaudrey reprit de ce prince la Maison Forte de Corlavour. C'est ainsi que les Vaudrey prirent la place des Corlavour dans cette seigneurie. L'étendue des vestiges de la motte féodale témoigne de l'importance du château et du village à cette époque.
Le château était une des principales clés du bailliage d'Aval. Il joua un rôle important pendant tout le cours du Moyen-Age. Les seigneurs, qui le possédaient, l'habitaient très souvent. Mais pendant les guerres de conquête de la Franche-Comté, il devint l'objet de luttes incessantes, tantôt occupé par les Français, tantôt par les Comtois.
En 1673, le capitaine Prost, dit Lacuzon, chef des Comtois, reçut l'ordre de Don François d'Alveda, dernier gouverneur du comté de Bourgogne pour le compte du roi d'Espagne, de mettre hors de défense le château de Courlaoux et de renforcer ceux de Montaigu et de Saint-Laurent-la-Roche, plus faciles à défendre. Cet ordre convint à Lacuzon, car le propriétaire du château de Courlaoux était alors Ferdinand de la Baume, comte de Montrevel, qui commandait des troupes françaises en Bresse. Le château ne fut complètement rasé qu'après la Révolution. On retrouve encore aujourd'hui dans les murs de certaines maisons du village des pierres anciennes en provenant.
La guerre de Cent ans prit fin au début du XVe siècle. Duc de Bourgogne depuis 1419, Philippe le Bon, fils de Jean sans Peur, se fit remarquer pour ses goûts chevaleresques. C'est lui qui institua le grand ordre de la Toison d'or. La magnificence de sa cour rivalisait avec celle du roi de France, Charles VII, et allait même jusqu'à la dépasser.